THỜI KỲ THỨ NHỨT
Thời kỳ thứ nhứt (1924-1964): Chỉnh cơ lập pháp và tổ chức hữu hình
Từ cuối thế kỷ 18, trong nước ta có nhiều đàn cầu Tiên Phật, mà sự tín ngưỡng của thiên hạ hãy còn mơ màng. Họ chỉ đến hầu đàn cầu thuốc, hay hỏi về việc danh lợi mà thôi, chớ ít ai để ý về mặt đạo đức.
Thời kỳ này Thần Tiên dùng Huyền Cơ gieo tín ngưỡng, sau mới dùng Thần Cơ để tổ chức các việc hữu hình của một tôn giáo cho đạo Minh Lý.
Đầu những năm 1920, một nhóm bảy công chức và tư chức thường hội hiệp nhau, mỗi tháng mỗi người bỏ ra hoặc năm đồng, hoặc ba đồng, để làm vốn in kinh phổ thông phát không trong xứ, cốt yếu để cầu phước báu mà thôi. Lần lần, các ông phát tâm nghiên cứu các kinh Tam giáo đạo.
Kế sau nữa, theo phong trào đương thời, có người trong nhóm tập làm đồng tử để cầu Phật Tiên dạy Đạo. Ông tập được Huyền cơ, mọi người trong nhóm bắt đầu tin chắc trong cõi thế giới vô hình, quả thật có Trời Phật Tiên Thánh, không còn ngờ vực gì nữa. Người đồng tử đó là Ông Âu Kiệt Lâm, Thánh danh Minh Chánh, sau này, khi chùa Tam Tông Miếu được xây dựng, ông là vị Chủ trì đầu tiên của chùa.
Một đêm, có một vị đạo hữu ở một đàn khác đặng lịnh Bề Trên đến báo tin rằng: “Đã tới ngày giờ, các ông phải lập đàn cho Bề Trên giáng dạy Đạo“. Được biết thời kỳ này Ơn Trên thường hay giáng chỗ này nhưng dạy về việc ở chỗ khác, truyền phải mang tới địa chỉ được ghi trong Thánh ngôn, để tăng lòng tin của mọi người.
Ngày đặng lịnh khai đàn là ngày 26, tháng 11, năm Giáp Tý (năm 1924), lúc 22 giờ. Nhưng đến khi khai đàn chánh thức là đã đến 23 giờ (giờ Mậu Tý), bước qua ngày 27 là ngày Bính Tý, tháng 11 cũng thuộc Bính Tý. Đức Đạo Tổ Thái Thượng Lão Quân giáng, ban cho hiệu đạo là Minh Lý và bài kinh Tặng Ngọc Đế. Ngài dạy rằng: “Chư nhu tụng kinh chữ, không thông nghĩa lý, nên Ta cho kinh nôm…“. Đây là ngày chính thức được chọn làm ngày Lễ Kỷ niệm khai đạo Minh Lý và nhóm bảy ngài nói trên là các tiền bối khai Đạo.
Từ đây, các Đấng Thiêng Liêng thường về ban kinh, dạy cách tổ chức, hoạt động, tu hành và hình thể kiến trúc của chùa Tam Tông Miếu.
Thời kỳ đầu chưa có chùa, các bậc tiền bối khai Đạo mỗi lần cúng cầu an thì hội hiệp nhau tại nhà của một vị và xoay vòng. Sau, có mượn chùa Linh Sơn Tự để hành lễ cúng Trời Phật, nên phải cúng vào khuya ngày 14, 30 hàng tháng vì ngày mồng 1 và 15 thì chùa Linh Sơn Tự cúng. Cho đến ngày nay, Minh Lý Đạo vẫn giữ lệ cúng cầu an như thế.
Năm 1925, Đức Đạo Tổ dạy phải lập một ngôi chùa, Minh Lý Đạo xây dựng ngôi Tam Tông Miếu và chuyển về chùa mới năm 1927. Sau hai lần trùng tu lớn vào năm 1941 và 1957, chùa có hình thể như ngày nay.
Năm 1926, Đức Diêu Trì Kim Mẫu Vô Cực Thiên Tôn ban cho hiệu chùa là Tam Tông Miếu với ý nghĩa:
- Tam Tông là nói tắt Tam tông giáo, là ba tông giáo lớn ở Đông Nam Á là đạo Nho, đạo Tiên, đạo Phật.
- Chữ Miếu nghĩa là đền thờ, là nơi Thượng Đế ngự. Theo tiếng Trung Hoa, chữ Tông miếu là đền thờ các vua đời trước. Miếu không phải là miễu theo tiếng Việt Nam, vì chữ miễu rất nhỏ, không thể so sánh với tông miếu được.
Vậy, Tam Tông Miếu tức là đền thờ ba tông giáo Nho, Đạo (Tiên), Phật. Thờ ba giáo là cốt để tìm cái nguồn cội ngõ qui về Đạo Một, ngôi Nhứt, là Thượng Đế.
1926 Đăng ký với chính quyền sở tại lập Hội tương tế tu thân Tam Tông Miếu và được chuẩn y vào 1927.
1926 Lập nghĩa trang Tam Tông Miếu, nay là Báo Ân Từ tại 445/20 Lạc Long Quân do hội viên từ thiện là bà Diệu Trí Huỳnh Thị Ngôn hiến cúng.
1926 Lập tiệm tạp hóa bán đồ chay Hiệp Ích.
1927 Lập Tặng Dược thất để phát thuốc chữa thời khí rồi sau đó 1928 là Thất Trị Bệnh để chữa trị miễn phí.
1927 Lập Phát kinh viện để phát sách ấn tống và cho mượn sách đọc tại chỗ.
1927 Có làm lịch âm dương có chua thêm các ngày vía, tiền thân của lịch Tam Tông Miếu sau này.
1930 Lập nhà in Tam Tông, Đức Môn thư xã, cất nhà cho thuê, mở trường dạy miễn phí học sinh nghèo.
1.2 24 năm kế (1941-1965): Tự tu học – Nghiên cứu Kinh sách Tam giáo
Năm 1941, đồng tử Minh Chánh quy tiên nên đường thông công đứt đoạn. Chư môn sinh phải tự tu học, tài chính của chùa kiệt quệ, đạo hữu người về quê, người không giữ được đức tin, cơ đạo chinh nghiêng, … Tuy vậy, một số người trung kiên còn ở lại, theo phương pháp của Thần Tiên chỉ dạy, biết lợi dụng lúc rảnh rang, không cầu đàn, ít lễ cúng, trùng tu ngôi Tam Tông Miếu, tự dịch kinh sách để học, nghiên cứu phát triển việc làm lịch Tam Tông Miếu có hiệu quả … để tạo tài lực cho các bạn đồng tu sinh sống.
Chính trong thời kỳ này, Ngài Định Pháp Nguyễn Minh Thiện (1897-1972) đã phế bỏ việc đời để chuyên tâm lèo lái mối Đạo. Ngài kết tập Thánh ngôn, viết sách, dịch Kinh, trùng tu Thánh Miếu, hướng dẫn môn sanh theo con đường chánh nghĩa chơn tu, đúng theo chơn truyền Đạo pháp của Minh Lý mà Ơn Trên đã dạy.
Trời Phật ủng hộ người lành, nên việc chi cũng đặng thành tựu theo ý nguyện. Thật là: “Nhơn hữu thiện nguyện, thiên tất tùng chi“.
Thời kỳ nầy, gọi là thời kỳ nghiên cứu kinh sách Tam giáo.
Trong thời gian nầy, Ngài Minh Thiện đã biên soạn cuốn giáo lý làm nền tảng cho Minh Lý Đạo là Minh Lý Học Thuyết, để cho môn sanh theo đó mà tu học.
1952 Tái lập ban Nữ phái
1957-1961 Xây mới Tam Tông Miếu
1961 Thành lập trường tiểu học Xuân Phong, với học phí phải chăng để con nhà nghèo có nơi học.
Ngài Minh Thiện đã nghiên cứu cải tiến Lịch Tam Tông Miếu, nổi tiếng khắp miền Nam Việt Nam do có dự báo thời vụ chính xác để nông dân trồng trọt và mỗi ngày đều có ghi châm ngôn khuyến tu hành thiện, không mê tín.